Tháng 1 năm 1643, Công ty Đông Ấn Hà Lan đưa một hạm đội 5 chiến hạm do Johanes Lamotius chỉ huy tới liên kết với Trịnh Tráng đi đánh Đàng Trong nhưng khi tới nơi thì họ biết rằng quân đội chúa Trịnh chưa chuẩn bị gì. Tháng 7 năm 1643, một hạm đội khác lại tới do Pieter Baek dẫn đầu. Ông nhận được lệnh bắt dân Đàng Trong càng nhiều càng tốt. Dù vậy, khi còn cách phía Nam sông Gianh 5 dặm thì họ bị 50 chiến thuyền của quân đội chúa Nguyễn tấn công. Theo Đại Nam thực lục tiền biên thì sự kiện này lại xảy ra ở gần cảng Eo (tức Thuận An, Phú Vang, Thừa Thiên Huế ngày nay).

Theo nhà nghiên cứu Lê Thành Khôi thì trong trận này tàu Wijdenes bị triệt tiêu, Baek bị giết, 2 tàu khác phải mở đường mà tháo chạy. Theo Đại Nam thực lục tiền biên thì quân đội chúa Nguyễn được chuẩn bị sẵn vì một nhóm trinh sát gọi là hải tuần đã mật báo từ trước.

Sau trận chiến này, phía Hà Lan kết luận rằng "Chúa của Tongking đã ngán ngẩm chiến tranh (với Cochinchina) rồi".

Sau cuộc xung đột với Đàng Trong, uy tín của Công ty Đông Ấn Hà Lan tại Viễn Đông có phần suy giảm. Sau khi nghe người Trung Hoa và dân địa phương buôn bán ở Nhật kể lại cuộc chiến, người Nhật bắt đầu cảm thấy coi thường Công ty Đông Ấn Hà Lan và uy tín của Hà Lan ở đây bị mất mát lớn. Cuộc xung đột với Hà Lan trong những năm 1640 cũng đã phản ánh một bước ngoặt trong sức mạnh quân sự của Đàng Trong. Phía Hà Lan tin rằng họ Nguyễn chỉ kém hơn một chút so với Đàng Ngoài.

Công ty Đông Ấn Hà Lan, với một lực lượng hải thuyền khá mạnh, trang bị vũ khí tối tân (vào thời bấy giờ), đã chinh phục được Batavia và vùng quần đảo Indonesia nhưng không thể chiến thắng được Đàng Trong chứng tỏ quân đội chúa Nguyễn khá mạnh, giúp Chúa Nguyễn thắng thế trong cuộc chiến với họ Trịnh vào thế kỷ 18.

Sau trận này, Công ty Đông Ấn Hà Lan không còn gởi tàu bè đến Đàng Trong. Đến năm 1648, khi chúa Nguyễn Phúc Tần, thay cha cầm quyền (cầm quyền ở Đàng Trong 1648-1687), muốn thương lượng với người Hà Lan thì Công ty Đông Ấn Hòa Lan mới gởi đại diện đến Đàng Trong. Ngày 9 tháng 12 năm 1651 hai bên đi đến thỏa thuận bỏ qua những tranh chấp cũ, nhưng người Hà Lan cho rằng công việc buôn bán của họ vẫn tiếp tục bị trở ngại nên rút lui và đóng cửa thương cuộc ở Đàng Trong năm 1654.